I senmiddelalderen indførtes i flere europæiske lande en særlig militær jurisdiktion i forbindelse med organisering og anvendelse af udenlandske lejehære. Dette betød især, at der blev fastsat særlige regler for militære strafferetlige forhold. De særlige ordninger var oprindeligt baseret på krav fra disse hære om at kunne bevare deres eget retssystem. Også i Danmark blev gennemført særlige militære regler, ligesom der blev etableret militære domstole (krigsretter).

Da den danske hær blev national og senere kom til at hvile på værnepligt, blev den særlige militære straffelovgivning først og fremmest opretholdt med henblik på at sikre den militære disciplin.

Ifølge Frederik 2.s krigsartikler fra 1564 lå det endelige ansvar for retshåndhævelse ved krigsretterne hos de militære chefer. Krigsretterne blev ledet af en juridisk sagkyndig embedsmand, der fra omkring 1630 blev benævnt ”auditør”.

I 1659 blev Generalauditoriatet oprettet. Generalauditøren havde direkte referat til kongen og førte tilsyn med håndhævelsen af de militære regler. Han kom efterhånden tillige til at fungere som juridisk konsulent for kongen og senere forsvarsministeren.

Med Christian 5.s krigsretsinstruktioner for hæren og søværnet af 1683 blev der etableret en selvstændig militær jurisdiktion, som endvidere gav mulighed for, at visse militære chefer kunne pålægge straf uden dom. Alt militært personel hørte som følge af deres tilknytning til krigsmagten under denne selvstændige jurisdiktion, som omfattede både militære og borgerlige sager. Den militære retspleje hvilede i vidt omfang på principperne i krigsretsinstruktionerne helt frem til 1919.

Ved lov om hærens ordning af 1867 blev der blandt andet oprettet et auditørkorps, der med generalauditøren som chef var fælles for hæren og søværnet.

I 1881 vedtog Rigsdagen en straffelov for krigsmagten, og herved kom den første egentlige militære straffelov. På baggrund af flere århundreders erfaring i behandling af sager under militær jurisdiktion blev loven udformet med detaljerede beskrivelser af en lang række former for lovovertrædelser.

Alle personer, der hørte til krigsmagten, stod under militær ret i alle sagstyper frem til 1908, hvor den militære jurisdiktion blev begrænset til kun at omfatte straffesager og borgerlige sager, der angik tjenesteforhold. Dette skete ud fra en betragtning om, at militær jurisdiktion i disse sager var særligt påkrævet, men at denne selvstændige jurisdiktion ikke burde udstrækkes yderligere.

Ved lov om retsplejen i hæren og søværnet af 1919 blev den militære retspleje radikalt ændret. Krigsretterne blev ophævet, og domsmyndigheden i militære sager blev hermed i det hele overført til de civile domstole. Dette skete som konsekvens af de nye retsplejeprincipper, som blev indført med den borgerlige retsplejereform i 1919, hvor anklagefunktionen blev udskilt som selvstændig myndighed. Påtalemyndigheden forblev dog hos de militære myndigheder, og den eksisterende adgang til at pålægge straf uden dom og til at anvende disciplinarmidler i stedet for straf blev opretholdt.

Militær straffelov af 1937 erstattede 1881 lovens omfattende opregning af lovovertrædelser med korte og klare beskrivelser af gerningsindholdet. Straffebestemmelser for forhold, der kunne henføres under borgerlig straffelov, blev ophævet, ligesom en række af de militære strafarter blev ophævet.

Ved militær retsplejelov af 1973 overgik påtalen i militære straffesager til Auditørkorpset. Dog skulle sagen inden afgørelsen af tiltalespørgsmålet forhandles med den militære rettergangschef. Den endelige adskillelse af kompetenceforholdene i militære straffesager kom med den militære retsplejereform af 2005. Herefter kan alene auditørerne i Forsvarets Auditørkorps rejse militære straffesager.

Auditørkorpset har således fra sin oprettelse til i dag udviklet sig fra at være en juridisk konsulent for den militære chef inden for det militære kommandosystem til en af kommandosystemet uafhængig anklagemyndighed under forsvarsministeren på samme måde som den civile anklagemyndighed under justitsministeren.

Historien om våbenskjoldet
Auditørkorpsets afdelingsmærke blev godkendt af Forsvarsministeriet den 31. marts 1951. Mærket anvendes af generalauditøren, auditørerne og auditørfuldmægtigene i forgyldt metal som afdelingsmærke, når de er i hærens uniform (M/69), og i øvrigt som baretmærke.

Afdelingsmærkets symbolik henviser til dels tidselkransen og fasces, der indgik i den særlige auditøruniform, der blev indført efter retsplejereformen i 1919. Fasces var et værdighedstegn fælles for alle romerske magistrater med såkaldt imperium, dvs. myndighed. Disse fasces er bundter af stokke af elmeris, der er omvundet med bånd. I bundtet er anbragt en økse, der er symbol på myndighed i dens fulde omfang i felten (militiae). Liktorerne gik med fasces forud for magistraten og skaffede plads bl.a. ved at råbe "Giv Agt".