Den militære anklagemyndighed er – på samme måde som den civile anklagemyndighed under Justitsministeriet – organisatorisk opdelt i flere niveauer.

I forhold til retsplejelovens regler træder Generalauditøren således i stedet for rigsadvokaten, mens Auditøren træder i stedet for statsadvokaterne og politidirektørerne. Generalauditøren og Auditøren har derfor samme beføjelser som den civile anklagemyndighed i relation til efterforskning, herunder afhøring af mistænkte og vidner, mulighed for at rejse sigtelser og tiltale m.v.

Grundlaget for den militære anklagemyndigheds virke findes i den militære straffe- og retsplejeordning, der fik sit nuværende indhold efter en gennemgribende lovrevision i 2005.

Strafferetsplejens grundprincipper

Den civile retsplejelov fastsætter en lang række detaljerede bestemmelser, der blandt andet skal sikre, at den sigtede får en retfærdig rettergang og beskytte ofres og vidners retssikkerhed. Bestemmelserne skal også sikre en fair balance mellem individets og samfundets interesser, herunder et effektivt retssystem. Disse grundlæggende bestemmelser er fælles for både den militære og den civile strafferetspleje. Det er således bl. andet et grundlæggende straffeprocessuelt princip i dansk ret, at det er anklagemyndigheden, som skal bevise, at den tiltalte er skyldig. Endvidere skal enhver rimelig tvivl om beviserne komme den tiltalte til gode, ligesom enhver sag skal fremmes med den hurtighed, som sagens beskaffenhed tillader. Det følger endvidere af retsplejeloven, at anklagemyndigheden skal påse, at strafskyldige drages til ansvar, men også at forfølgning af uskyldige ikke finder sted. Denne regel er et udtryk for objektivitetsprincippet, der er et grundlæggende princip i strafferetsplejen, og som anses for en af de vigtigste retssikkerhedsgarantier. 

Hvad er militære straffesager?
Militære straffesager er sager, hvor militært personel overtræder militær straffelov, den civile straffelov eller andre strafbelagte civile bestemmelser. Er der tale om overtrædelser af straffeloven eller andre strafbelagte civile bestemmelser, skal overtrædelsen dog vedrøre tjenesten eller være begået i anledning af tjenesten eller på militært område mv.

Der er imidlertid intet til hinder for, at den militære anklagemyndighed også inddrager andre end militært personel i efterforskningen og herunder foretager afhøring af civile. I det omfang efterforskningen afdækker, at disse personer bør sigtes eller retsforfølges, tilkommer denne kompetence politiet og den civile anklagemyndighed. Sagens tilrettelæggelse aftales da mellem den militære og civile anklagemyndighed.

Undertiden resulterer det i, at en sag opdeles i henholdsvis en militær og en civil straffesag. I andre tilfælde behandles sagen efter aftale samlet af enten den militære anklagemyndighed eller af den civile anklagemyndighed.

Anmeldelse
Når auditøren modtager en anmeldelse af et muligt strafbart forhold, undersøges grundlaget for anmeldelsen. Efterforskning iværksættes efter anmeldelse eller af egen drift, når der er rimelig formodning om, at et strafbart forhold, som forfølges af den militære anklagemyndighed, er begået.

Efterforskning

Den militære anklagemyndighed efterforsker militære straffesager i ind- og udland. Efterforskningen har til formål at klarlægge, om betingelserne for at pålægge strafansvar er til stede, og at tilvejebringe oplysninger til brug for sagens afgørelse samt forberede sagens behandling ved retten. Efterforskningen af militære straffesager varetages af Auditøren, der efter den militære retsplejelov kan trække på bistand fra både forsvaret og politiet. Efterforskningen foretages i praksis af Auditørkorpsets politiuddannede efterforskere (auditørfuldmægtige), der er rekrutteret fra politiet, under ledelse af Auditøren.

Militære myndigheder kan foretage uopsættelige efterforskningsskridt i straffesager, men kun i tilfælde, hvor det ikke på forhånd har været muligt at indhente Auditørens bemyndigelse. I sådanne tilfælde skal Auditøren straks efterfølgende underrettes. Militære myndigheder har derimod ingen selvstændig strafferetlig kompetence. Militærpolitiet yder – som militær myndighed – efter anmodning bistand i forbindelse med konkrete straffesager og strafferetlige undersøgelser efter auditørens nærmere instruktion og bemyndigelse, eller hvor betingelserne for at foretage et uopsætteligt efterforskningsskridt i øvrigt er opfyldt. Navnlig i forbindelse med efterforskning af strafbare forhold begået af udsendte soldater, er et sådant samarbejde med militære myndigheder meget værdifuldt, fordi auditørpersonel ikke kan være permanent til stede i missionsområderne. I disse tilfælde autoriseres militære myndigheder – i praksis militærpolitiet – til under Auditørens ledelse og ansvar at gennemføre bevissikring, afhøring eller andre efterforskningsskridt. Det har stor betydning navnlig i den for efterforskningen afgørende fase umiddelbart efter et begivenhedsforløb.

Særligt om efterforskning i missionsområder
Den militære anklagemyndighed har som følge af den organisatoriske placering under Forsvarsministeriet mulighed for at rejse til og udføre en række myndighedsopgaver i et missionsområde uden at være forpligtet til at søge værtslandets myndigheder om tilladelse til at indrejse og gennemføre efterforskningen. Det beror på en konkret vurdering fra Auditørens side, om der skal udsendes auditørpersonel til missionsområdet. Der foretages navnlig udrykning med henblik på efterforskning, hvor der er mistanke om strafbart forhold begået af dansk militært personel, og hvor sagens karakter eller omfang kræver efterforskning ved en auditørfuldmægtig.

Efterforskningen i missionsområder foregår ofte under meget vanskelige forhold. Efterforskning i disse områder – herunder hvor danske soldater har været i kamp og eventuelt også selv har lidt tab – indebærer i sagens natur en række store praktiske udfordringer for efterforskningsarbejdet. På grund af situationen i et område og risikoen for nye angreb kan en normal gerningsstedsundersøgelse allerede af sikkerhedsmæssige årsager meget ofte være udelukket.  Udrykning til missionsområder er endvidere forbundet med en stor tidsmæssig udfordring. Det kan ofte vare flere dage, før auditørpersonel kan være fremme på stedet for undersøgelsen. I forhold til en almindelig politimæssig efterforskning i Danmark indebærer arbejdsvilkårene i missionsområderne således helt særlige udfordringer.

Sagens afgørelse
Når efterforskningen er afsluttet, afgør Auditøren, om der er grundlag for at rejse tiltale i sagen, eller om efterforskningen skal indstilles. Også her gælder reglerne i den civile retsplejelov. Auditøren kan f.eks. beslutte, at sigtede skal forelægges en bøde, eller at tiltale skal rejses ved domstolene. Auditøren kan også opgive påtale på bevisets stilling eller afgøre sagen med et tiltalefrafald, når betingelserne herfor er til stede.

Objektivitetsprincippet gælder også, når der skal tages stilling til spørgsmålet om tiltale, og det indebærer, at den militære anklagemyndighed er forpligtet til at tage enhver omstændighed, der tyder på en mistænkts uskyld, i betragtning, samt ikke at rejse tiltale, med mindre det skønnes, at tiltalerejsning vil føre til domfældelse. Det ville således ikke være i overensstemmelse med objektivitetsprincippet, hvis den militære anklagemyndighed rejste tiltale i sager, hvor der var en sådan tvivl om beviserne, at der ikke var en rimelig udsigt til domfældelse. Omvendt vil der normalt skulle rejses tiltale, hvis en sag forventes at kunne føre til domfældelse. Rejses der tiltale ved domstolene, gælder det almindelige princip om offentlighed i retsplejen og offentlighedens adgang til retsmøder m.v. Afsluttes sagen uden tiltale, underretter Auditøren sagens parter og andre med fornøden retlig interesse i sagens udfald og meddeler klagevejledning i relevant omfang.

Auditørens afgørelse kan i overensstemmelse med retsplejelovens almindelige regler påklages til Generalauditøren. Retten til aktindsigt efter offentlighedsloven omfatter ikke sager inden for strafferetsplejen. Auditøren har dog mulighed for – når straffesagen er endeligt afsluttet – efter principperne om meroffentlighed efter et konkret skøn at offentliggøre hele eller dele af sin afgørelse, når blot Auditøren ikke derved overtræder sin tavshedspligt. Udfaldet af dette skøn afhænger af en vurdering af sagens nærmere omstændigheder, herunder personfølsomhed, operationssikkerhed, hensynet til samarbejdet med fremmede magter overfor en vurdering af offentlighedens interesse i at kende sagens udfald. Auditørens afgørelse om aktindsigt kan også påklages til Generalauditøren.

En række af de undersøgelser, som Auditørkorpset gennemfører, indeholder i øvrigt oplysninger og konklusioner, der kan være nyttige for forsvarets myndigheder. Auditøren orienterer derfor militære myndigheder om undersøgelsens udfald. Herigennem åbnes mulighed for, at militære myndigheder i fornødent omfang kan tilpasse operative procedurer efter de erfaringer, der er indhentet ved efterforskningen.