Den militære anklagemyndighed er - på samme måde som den civile anklagemyndighed under Justitsministeriet - organisatorisk opdelt i flere niveauer. Efter militær retsplejelov træder Generalauditøren i stedet for Rigsadvokaten, mens Auditøren træder i stedet for statsadvokaterne og politidirektørerne i forhold til den civile retsplejelovs regler.

Generalauditøren og Auditøren har derfor samme beføjelser som den civile anklagemyndighed i relation til efterforskning, afgørelse af tiltalespørgsmålet og øvrige anklagevirksomhed m.v.
 
Auditørkontoret er første instans ved militære straffesager, her er det Auditøren der som militæranklager møder i byretterne og landsretterne.

Det er Generalauditøren der som militæranklager møder i Højesteret. Generalauditoriatet er anden instans og dermed klageinstans for afgørelser truffet af Auditøren, som påklages til Generalauditøren.

Generalauditøren og Auditøren er uddannet jurister og har gjort tjeneste i politiet og den civile anklagemyndighed, mens den militære anklagemyndigheds efterforskere - auditørfuldmægtige - alle er rekrutteret fra politiet.
 
Generalauditøren varetager den almindelige drift og administration af Forsvarsministeriets Auditørkorps og bistås heri af Vicegeneralauditøren samt et juridisk sekretariat.

For at dække hele landet har Auditørkontoret et afdelingskontor i København.

Sidst opdateret 24. august, 2020 - Kl. 15.05