Den militære anklagemyndighed er – på samme måde som den civile anklagemyndighed under Justitsministeriet – organisatorisk opdelt i flere niveauer. Efter militær retsplejelov træder generalauditøren i stedet for rigsadvokaten, mens auditørerne træder i stedet for statsadvokaterne og politidirektørerne i forhold til (den civile) retsplejelovs regler. Generalauditøren og auditørerne har derfor samme beføjelser som den civile anklagemyndighed i relation til efterforskning, afgørelse af tiltalespørgsmålet og øvrige anklagevirksomhed m.v.

Auditørerne virker som første instans og møder som anklagere i byretterne og landsretterne, mens generalauditøren virker som klageinstans og møder som anklager i Højesteret. Afgørelser truffet af auditørerne kan således påklages til generalauditøren. Generalauditøren og auditørerne er uddannet og har gjort tjeneste i politiet og den civile anklagemyndighed, mens den militære anklagemyndigheds efterforskere – auditørfuldmægtige – alle er rekrutteret fra politiet.

Generalauditøren varetager den almindelige drift og administration af Forsvarets Auditørkorps og bistås heri af vicegeneralauditøren og et juridisk sekretariat.

For at kunne dække hele landet er Forsvarets Auditørkorps opdelt med afdelinger i København og Jylland. Auditøren i København og en efterforskningsafdeling har kontorer i Kastellet i København. Auditøren i Jylland og en efterforskningsafdeling har kontorer i Karup.



Se endvidere Generalauditørmeddelelse nr. 1, 2011 vedrørende fordeling af forretningerne mellem auditørerne.

Ved at følge linket her findes en artikel med yderligere oplysninger om den militære anklagemyndigheds organisation og opgaver.